Situação: 

Ao tentar emitir uma NFS-e, foi retornada a seguinte mensagem: Rejeitado pela prefeitura: Rejeitado - [#inv0328] - Mensagem retornada pela prefeitura:, Mensagem: CNPJ do tomador do serviço esta vinculado a mais de uma inscrição municipal.

Solução: 

Para esse caso é necessário conferir com o tomador do serviço sobre irregularidades na IE. Orientar o cliente a acioná-lo e verificar.
Após regularização na prefeitura, a Nota de serviço foi emitida.