Situação: 

Como controlar as contas contábeis por empresa

Solução: 

Para isso, é necessário ativar um parâmetro oculto via banco de dados.
Acesse o IBexpert e rode o seguinte update no SQL Editor (F12):

update paractb
set contasporfilial = 'S'

Após commitar, será possível controlar as contas contábeis por empresa.